经过“唷唷唷喔区”时，零一几人帮君莎小姐找到了失踪的小孩和帮乔伊小姐解救了沉睡中的神奇宝贝，而小霞也在这一次事件中，收服到鸭神——呆萌可达鸭。
经过美容街时，零一几人遇到了连续三年美容街饲育家比赛的冠军得主，获得神奇宝贝训练家联盟的认定，神奇宝贝之友杂志读者票选最受欢迎的饲育家，连续四年拿到第一名的超级优秀的饲育家——小雪，帮助她打退了火箭队创办的美容店后，小刚得到了被小雪拜托培育的六尾。
紧接着零一几人受“爱美”之邀参加了神奇宝贝格斗技的大庆典，然后以小智的火爆猴赢得p1大奖，最后小智把火爆猴交于爱美父亲照顾而结束。
经历了这一系列的事件，几人终于抵达了看起来有些破败的城市——黑云市。
“这个地方工厂林立，可是怎么看起来冷冷清清的。”小智疑惑的看向四周。
“这里是黑云市，听说这里以前因为到处是工厂所以很繁华。”零一解释道。“不过也因为这个原因，所以天空和大海都受到污染又没落起来。”
“看来不太可能有神奇宝贝存在。”小黎看着四周有些乌烟瘴气的城市嘀咕道。
“皮卡～”皮卡丘忽然面色潮红，不对劲的叫了一声。
“小智，带皮卡丘去神奇宝贝中心。”零一眼神微眯，说道。
“有人在吗？”小智手戴粉红塑胶手套，用力按着神奇宝贝中心前台的按铃。“有没有人在啊？”
“真受不了耶，你不知道现在几点钟了吗？”只见乔伊小姐打着哈欠走了出来。
零一趁小智几人与乔伊小姐交谈时走到公共电话区，然后拨通了大木博士的电话。“喂，不好意思啊，大木博士，这么晚还找你。”
“啊？没事没事，零一，是出什么事了吗？”大木博士穿着妙蛙种子图案的睡衣，打着哈欠问道。
“没有，就是想暂时增加携带神奇宝贝的数量。”零一想了想，继续说道。“你把毒刺水母传给我吧。”
“嗯……毒刺水母嘛……”大木博士撑着下巴看了看身后的神奇宝贝球柜，然后走到里面拿出一枚神奇宝贝球。“你这只毒刺水母还真是巨大，幸亏我事先查询了它的资料，要不然我这座研究所都得废掉。”
零一不好意思地挠了挠头，然后又听见大木博士说：“你这只毒刺水母会的技能很多，不仅会水系，冰系，毒系，超能系，一般系技能，就连草系和妖精系都会。”
零一略微挑了挑眉，显然她也没想到这只毒刺水母会这么多种技能，继而她笑道。“是吗？看来我又捡到宝了，不过大木博士，我马上会传送一只你极为喜欢的神奇宝贝过去，我相信见到它时你会激动坏的。”
“哈哈哈……那我就在这等着它的到来。”大木博士没有反驳，反而大笑道，其实零一一开始收服到闪光可达鸭就已经让他激动坏了，更何况后面的快龙和巨大毒刺水母呢，所以他一点也不怀疑零一的话。
零一跟大木博士简单聊了几句今后的打算便挂了通话，而电也在挂完电话的那一刻停了。
“零一，现在该怎么办？！”见零一打完了电话，小智急切喊道。
“去发电所。”零一说完又看了看一脸紧张的皮卡丘，温柔地摸了摸它的脑袋。“我们不会扔下你，你在这好好休息，乖乖等着我们回来。”
“皮卡～”皮卡丘这才安心的窝在了乔伊小姐的怀里。
“雷丘，你在这陪着皮卡丘”零一对雷丘说完后，便带着小智几人前往发电所。
在寻找问题根源的同时，零一几人也收服了几只值得培养的神奇宝贝——零一收服到好战的电击怪、小智收服了臭泥群的老大臭臭泥、小黎收服了帮忙带路的小磁怪。
“从现在开始，你们要寸步不离的跟着我，因为接下来要发生的事会危险的许多。”零一看着手中装有电击怪的神奇宝贝球消失后，对着小智几人认真说道。
见零一这般严肃，几人立即点头保证到，随后零一带着几人走进了发电所深处。
“只要把它收服了，发电所就会恢复正常。”零一从口袋拿出了快龙的神奇宝贝球沉声道。
“谁？”小智问道。
“传说中的三神鸟之一的闪电鸟。”零一顿了顿继续说道。“三神鸟分别为急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟，急冻鸟拍动翅膀就能产生冷气，因此它飞过的地方就会下雪；闪电鸟能控制雷电，改变天气；火焰鸟能操控火。”
小智等人似懂非懂的点了点头，几人不再说话，越往里走时里头越为漆黑，小智只好放出了小火龙照路。
“喔吼！！！”突然，最里面传来一阵愤怒的叫声。
“准备战斗，快龙、鬼斯、毒刺水母、风速狗、比雕、可达鸭。”零一当即扔出自己所有的神奇宝贝。“风速狗，比雕你们两个保护好小智他们。”
“嗷呜/比雕。”两只神奇宝贝点头叫道。
继而，零一几人逐渐看到了里面的场景，一只长有黄色尖钉似羽毛的鸟类神奇宝贝正趴在发电器材上。
“三打一啊，小丫头，你是越来越狡猾了喔～”鬼斯调侃道。
“喔吼！！！”闪电鸟见到有人进来，立即恶狠狠的叫道。
“闪电鸟，电击属性神奇宝贝，拍动闪亮的翅膀时，会产生激烈的雷电。”小智从口袋拿出神奇宝贝图鉴。“感觉它好帅气啊。”
“快龙，变大后使出龙之波动、鬼斯使出恶之波动、毒刺水母使出水之波动、可达鸭使出守住。”零一直接下达命令。
四只神奇宝贝立即展开攻击，快龙从大大的口中掀起冲击波、鬼斯从体内发出充满恶意的恐怖气场、毒刺水母从身前汇聚一道水能源，而可达鸭则是跳到零一面前使出守住。
“喔吼～”面对三道威力巨大的攻击，闪电鸟丝毫不惧，从嘴里发射强烈的光线进行迎击。
果不其然，四只实力超群的神奇宝贝的绝招也不会弱到哪里，毕竟就连站在较远的小智等人都受到波及，幸亏比雕和风速狗站在了他们面前，才免于遭殃，而离得最近的零一也是在可达鸭的守住下才免于受伤。
紧接着，随着闪电鸟的痛怒交加的叫喊中，结束了这第一场战斗。
零一转而又下达了第二道命令，除可达鸭的命令一样，鬼斯使出魔法闪耀外，其余两只神奇宝贝同时使出破坏光线，而闪电鸟由于破坏光线的追加效果不能动弹，所以又狠狠的挨了一击。
“果然还是吊打更适合我。”零一看着闪电鸟气喘吁吁的模样，嘴角一扬，然后继续下达第三道命令。“可达鸭站在快龙和毒刺水母前面使出守住，鬼斯使出污泥炸弹。”
“喔吼！！！”闪电鸟的怒气蹭蹭的往上涨，到达一个高点的时候，猛的劈下了暴雷。
鬼斯连绝招都还没开始使出来就被狠狠的弹到了一边，而可达鸭也因为实力太悬殊的原因没守住，连带着快龙和毒刺水母也受到了创击。
而小智等人因为有比雕和风速狗在并没有受到太大的伤害，可零一就不同了，自己周身的神奇宝贝根本来不及保护她。
“可达/小丫头/吼呜/呜/比雕/嗷呜！！！”
“零一！！！”
就在所有人和零一的神奇宝贝都一脸急切担忧的看着一道巨雷逐渐逼近零一而无能为力的时候……
“雷雷～”一道橙色的身影“唰”地站在了零一面前，然后抗下巨雷。
“皮卡丘～”皮卡丘猛地扑进了一脸懵逼的小智怀里。
“雷丘，谢谢你。”零一张手抱住面前的雷丘，温柔道。
“雷雷。”雷丘不在意的朝她笑了笑。
“你们都没事吧？”零一看了看自己的神奇宝贝和身后的小智等人，得到没事的回应后，她看向了闪电鸟，眼睛微眯道。“鬼斯，精神强念、快龙，龙尾、毒刺水母，水炮。”
三只神奇宝贝听闻，立即露出发狠的表情，特喵的，谁特喵愿意有神奇宝贝在自己的面前打自己的训练家的，它们都还没打过呢。
鬼斯率先发出强大的念力，快龙和毒刺水母紧随其后——挥动自己庞大有力的尾巴和猛烈地喷射大量水流。
“可达～”可达鸭没听到自己的名字便扑到零一的怀里，硬生生的把雷丘挤了出去，然后一脸关切的询问零一有没有受伤。
“……”雷丘静静的看着抢了自己专属位置的可达鸭，暗自告诉自己:不能生气，不能踹走它，你是老大，所以不能跟小屁孩一般见识。
零一只是无奈的笑了笑，然后把目光放在了场上，只见闪电鸟一边旋转一边将尖喙刺入飞过来的三大绝招，可想而知这是多么勇敢的举动，面对夹杂了怒气的威力强大的绝招，还能这般舍身迎击，说实话零一都有些不忍直视了。
“喔吼～”闪电鸟被狠狠的弹到了地上，显然撑不了多久，于是零一下达了最后一道命令。
“鬼斯，暗影球，、快龙，喷射火焰、毒刺水母，超级吸取。”
鬼斯投掷了一团黑影、快龙发射了烈焰、毒刺水母回复了自己将近一半的hp、闪电鸟失去了战斗能力，皆大欢喜。
“去吧，神奇宝贝球1。”零一扔出了自己的神奇宝贝球。
只见闪电鸟化作了一道红光进入了神奇宝贝球，不停的在地上来回晃动，就在零一准备扔出第二个神奇宝贝球的时候，一道“叮”的声音响起，然后神奇宝贝球安安稳稳的停在了原地。
“呜～”毒刺水母伸出自己的一根触手，卷起地上的神奇宝贝球，然后伸到了零一的面前。
“谢谢你，毒刺水母。”零一伸手接过神奇宝贝球。“你们今天表现不错，回去之后给你们每只准备一份最完美的神奇宝贝食物，比雕和风速狗也有份。”
听闻，所有的神奇宝贝都高兴的把零一围了起来，小智等人也走了过来道贺。“零一，恭喜你又收服了一只实力强大的神奇宝贝。”
“嘿嘿~皮卡丘怎么样了？”零一不好意思地笑了笑，看向小智怀里的皮卡丘。
“皮卡。”皮卡丘伸出自己的一只小手，表示自己已经没问题了。
“雷丘，这是怎么一回事？”因为剧情有些改动，所以零一不知道皮卡丘是怎么好起来的。
“雷雷，雷雷……”雷丘云淡风轻的讲述了一遍事情经过。
原来，它们见零一几人迟迟没有回来，便偷偷的从神奇宝贝中心跑了出来，来到发电厂的时候，遇到了堵路的臭泥，然后它俩就跟臭泥打了起来，打完之后皮卡丘就恢复健康了。
“零一……”小黎疑惑地望向零一。
“电气系的神奇宝贝如果电气吸得太多的话，身体会变成电磁铁化，有时候看起来会像是得了感冒的样子。”零一一边笑着揉了揉皮卡丘的脑袋，一边解释道。
“是这样啊。”小智低头看向怀里的皮卡丘。
“这次的事件算是圆满成功了。”小刚说道。
零一点点头，带着几人回到了神奇宝贝中心后，她走到一旁的公共电话区，然后拨通了大木博士的电话。
“喂喂喂，这里是大木博士研究所，我是大木博士，请问你是哪位……哦～是零一和小智啊。”大木博士正在煮面。
“大木博士，早上好。”零一忽然觉得自己有些饿了。“那只神奇宝贝我已经传送过去了，对了，我把快龙和毒刺水母也传送给你，你把电击怪传过来吧。”
“还有我的臭臭泥，大木博士你收到了吗？”小智一脸激动的扑到屏幕前。
“说起这个……不要再送臭臭泥给我了！！！”大木博士突然大喊起来，然后顿时觉得自己锅里的面不香了。
“哈哈哈……”对此，零一几人笑了起来。
把装有电击怪的神奇宝贝球放进口袋，零一几人又简单的跟大木博士聊了几句，然后就朝着下一个地点——浅红市前进了。
就在零一几人朝着浅红市前进的时候，大木博士研究所却传来一阵阵惊天动地的喊叫声。
“啊啊啊！！！竟然是三神鸟之一的闪电鸟，不得了不得了，太不得了，零一是真的不可小觑啊，或许未来的石英冠军是她也说不定。”大木博士一边激动的捧着自己刚刚查阅过的闪电鸟的神奇宝贝球，一边憧憬零一当了石英冠军的场景。
后来，零一以行动告诉了他，她不仅仅是石英冠军，她还是丰缘冠军、神奥冠军、合众冠军、卡洛斯冠军，不过这都是很久很久之后的事了，那个时候的她可是带着自己各地的主力战队前往挑战石英高原、丰缘联盟、神奥联盟、合众联盟、卡洛斯联盟。
当然，这都是后话了，就不哔哔赖赖了……
【零一目前队伍中有雷丘、比雕、可达鸭、风速狗、鬼斯、电击怪六只神奇宝贝。
小智有皮卡丘、比比鸟、巴大蝴、妙蛙种子、小火龙、杰尼龟六只神奇宝贝。
小黎有妙蛙草、墨海马、皮可西、鬼斯通、走路草、小磁怪六只神奇宝贝。】